西南医科大学药学院成立于2002年，位于西南医科大学城北校区弘润楼，面积逾10000m²。药学教育始于1951年，是学校最早开设的两个专业之一。1993年开展药学专业专科教育，2001年开展药学、中药学专业本科教育，2006年获批中药学一级学科、药理学二级学科硕士学位授权点，2009年药学专业获批四川省本科高校省级特色专业，2010年获批药学一级学科硕士学位授权点，2012年开展临床药学本科教育，2018年获批四川省应用型本科示范专业建设点和药学硕士专业学位授权点，2019年药学专业获批四川省一流专业，2021年药学专业获批国家一流本科专业建设点、临床药学专业获批四川省一流本科专业建设点。2023年，与临床医学院核医学科共建的“核医药产业学院”获批四川省第二批现代产业学院。

学院现有药学、中药学、临床药学三个本科专业，在2024年软科中国大学专业排名中，药学专业获得B+评级，中药学专业获得B评级。有药学、中药学两个一级硕士科学学位授权点和药学硕士专业学位授权点，2014年开始先后与澳门科技大学、泰国清迈大学等开展联合培养博士研究生，已形成“本-硕-博”完整的人才培养体系。药学学科为四川省“贡嘎计划”建设Ⅱ类学科。药理学与毒理学学科进入ESI全球排名前1%（2024年9月，在前1%的机构中位列33.61%），药学学科在2024年软科中国大学最好学科的排位前50%，软科世界一流学科位列第301-400位。

学院设有4个职能科室（党政办公室、学科建设办公室、教务科、学生科）、10个教研室（药物化学、药剂学、药物分析、药理学、微生物与生化药学、临床药学、中药药理与临床中药学、中药炮制与制剂、中药资源与鉴定·生药学、核药学）、3个公共服务机构（药学实验教学中心、药物分析测试中心和药用植物园）、组建12个科研团队和10个党支部。

学院在校本科生1179名，硕士研究生414名，其中药学专业本科生394名。有教职工104人，其中专任教师82人，高级职称教师53人，博士54人；有四川省学术和技术带头人、国务院政府特殊津贴专家等各级各类高层次人才20余人次。有共建中枢神经系统药物四川省重点实验室，泸州市重点实验室4个，参与医学电生理教育部重点实验室、教育部代谢性心血管疾病医药基础研究中心建设；获批省科技厅创新团队1个，教育厅创新团队2个。承担国家自然科学基金项目40项，纵向科研经费6000余万元；发表SCI收录论文600余篇；获得省部级科技成果奖10项，授权专利28项，实现转化9项，合同金额2000余万元。

近五年，学院获“五味五育”四川省“高校党建工作品牌”、四川省高校党建工作标杆院系、四川省教科文卫体系统模范职工小家、四川省高校党建工作样板支部、学校“三全育人”综合改革试点院系、“先进基层党组织”等各类集体荣誉30余项；获四川省科学技术进步二等奖、四川省青教赛二等奖和三等奖、四川省教师教育教学信息化大赛（原微课比赛）三等奖。

学院立足四川，面向西南，多途径、多形式开展交流合作，服务地方经济社会发展。与中国（四川）自由贸易试验区川南临港片区合作成立“川南医学转化研究院”，并以此为依托建立了四川细胞时代科技发展有限公司和川南转化医学细胞库与细胞制备中心，开发干细胞再生及抗衰产品。与学校司法鉴定中心共建的“法医毒化鉴定室”通过CNAS认可和四川省司法厅认证，开展毒物标准品、城市污水毒物检测等服务，为川南的禁毒、缉毒工作和精麻药品管理提供技术支撑，共协助完成司法鉴定案件约800件。利用学院专业和人才优势，通过“科研+产业”双轮驱动，学院有四川省科技特派员3名，与凉山州昭觉县特布洛乡格吾村党支部开展共建活动，带领师生进行优势特色产业技术服务，持续推动凉山州以中药产业促乡村振兴。